法律分析:
区别如下：1、公司有保管档案的资格，开的是商调函。2、人社局下属的人才市场调档案开的是调档函。3、平级单位调动档案是调档函，下级单位向上级单位调动档案是商调函。4、格式不一样，只有国家事业单位之间调动才用调档函，如果是企业或人才市场之间一般用商调函。
法律依据:
《中华人民共和国档案法实施办法》
第七条 国家档案局依照《档案法》第六条第一款的规定，履行下列职责：
（一）根据有关法律、行政法规和国家有关方针政策，研究、制定档案工作规章制度和具体方针政策；
（二）组织协调全国档案事业的发展，制定发展档案事业的综合规划和专项计划，并组织实施；
（三）对有关法律、法规和国家有关方针政策的实施情况进行监督检查，依法查处档案违法行为；
（四）对中央和国家机关各部门、国务院直属企业事业单位以及依照国家有关规定不属于登记范围的全国性社会团体的档案工作，中央级国家档案馆的工作，以及省、自治区、直辖市人民政府档案行政管理部门的工作，实施监督、指导；
（五）组织、指导档案理论与科学技术研究、档案宣传与档案教育、档案工作人员培训；
（六）组织、开展档案工作的国际交流活动。
第八条 县级以上地方各级人民政府档案行政管理部门依照《档案法》第六条第二款的规定，履行下列职责：
（一）贯彻执行有关法律、法规和国家有关方针政策；
（二）制定本行政区域内的档案事业发展计划和档案工作规章制度，并组织实施；
（三）监督、指导本行政区域内的档案工作，依法查处档案违法行为；
（四）组织、指导本行政区域内档案理论与科学技术研究、档案宣传与档案教育、档案工作人员培训。
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