宅基地纠纷可以通过以下方式解决：
(1)协商解决：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。
(2)行政解决：个人之间，个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
(3)司法解决：当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。
一、返还土地使用权纠纷的注意事项
根据《土地管理法》第十四条第一款的规定，返还土地使用权纠纷的处理方式为：当事人之间进行协商，协商不成时由人民政府处理。对处理决定不服时，可以到人民法院起诉。《土地管理法》第十四条第二款、第三款规定，单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
二、迁入兄弟的宅基地房产证遗失怎么办
兄弟二人确权一处宅基地根据土地管理法第十六条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
凡是拥有宅基地的土地使用权人，须领取由土地部门统一印发的农村宅基地使用权申报登记表，以户为单元，每宗宅基地填写一份。
村民使用的宅基地，必须提交由经济社、村委会二级经济组织及镇政府出具的土地权属来源证明。然后由调查组负责收集申报材料上交土地管理部门对权属进行审核。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》第十四条：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。