要分两种情况，一种是双方都同意离婚，并且对子女抚养和财产分割都达成了一致，并写好了离婚协议书，这时发现结婚证丢了，双方可以一起到民政局补办结婚证后再进行离婚登记手续。双方可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关申请补领。婚姻登记机关对婚姻登记档案进行查证，确认属实的，补发结婚证。补领结婚证以后，如果双方能对离婚事宜达成一致意见，可以到任何一方户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。如果双方的矛盾较大，协商不了，这时双方到民政局补办结婚证的可能性较小，只能到人民法院诉讼离婚，如果结婚证丢失或一方将结婚证藏匿，想离婚必须到婚姻登记机关开具《婚姻关系证明书》，没有结婚证又没有婚姻登记机关的《婚姻关系证明书》，法院是不会受理离婚诉讼的。
一、结婚证没有档案怎样补办
婚证、离婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，应当为当事人补发结婚证、离婚证。
补办《结婚证》不同与结婚登记，结婚登记需要双方共同到民政部门办理手续，目的是要查明、核实是否自愿等相关情况，而补办《结婚证》是婚姻关系已经存在，民政部门只要核对婚姻档案底册就可以查明情况，因此，只要一方持持户口簿、身份证就可以补领了。
如果在户口本上面注明是夫妻关系的。只要一方持持带好双方的身份证、户口本到户口所在地的民政部门的结婚登记处办理，户口所在地的婚姻登记民政部门应该给以补办。
二、异地办理结婚证的程序的规定
（一）要求异地结婚登记的男女双方持所需证件共同到一方常住户口的区、县级市民政局（或镇人民政府）的婚姻登记机关提出申请；申请补办异地结婚登记或异地复婚登记的，按照结婚登记程序办理。
（二）异地办理结婚证双方当事人亲自到婚姻登记机关提出申请，各填写一份《申请结婚登记声明书》。
（三）异地办理结婚证双方当事人必须在婚姻登记员面前亲自在《申请结婚登记声明书》中“声明人”一栏签名或按指印。
（四）婚姻登记机关对双方提交的证件、声明进行审查，符合结婚登记条件的，准予登记。
补办《结婚证》不需要夫妻共同去办理。
《婚姻登记条例》第十七条规定“结婚证、离婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，应当为当事人补发结婚证、离婚证。”
补办《结婚证》不同与结婚登记，结婚登记需要双方共同到民政部门办理手续，目的是要查明、核实是否自愿等相关情况，而补办《结婚证》是婚姻关系已经存在，民政部门只要核对婚姻档案底册就可以查明情况，因此，只要一方持持户口簿、身份证就可以补领了。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
第一千零八十五条离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。
前款规定的协议或者判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。
第一千零八十七条离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
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