刑事案件立案侦查终结后处理如下：
1、认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定；
2、发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百六十八条
人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
第一百七十六条
人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
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